科学家研究发现，间充质干细胞的免疫调节具有这样一种可塑性，即它就像炎症环境的一个调和剂：当炎症反应加强时，间充质干细胞就会抑制免疫反应；当炎症反应减弱时，间充质干细胞反而可能促进免疫反应。这种特性在其治疗疾病的过程中需要引起高度重视。比如，科学家发现进入人体的间充质干细胞可以显著缓解肝硬化病人的病情，其肝脏部位的炎症反应明显减轻，肝功能指标如胆红素、白蛋白等明显好转。但是地塞美松会在相当程度上抵消间充质干细胞对于肝硬化的治疗作用。原因是当病人接受地塞美松和间充质干细胞的联合治疗时，肝硬化病人病灶部位的炎症会减轻，导致间充质干细胞的免疫抑制作用减弱，间充质干细胞的治疗效果完全消失，甚至会加重疾病。
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